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Décès quotidiens par département

Surmortalité due au Covid-19 ? Le temps du politique n’est pas le temps de la statistique. La communication politique s’exerce dans l’immédiateté. La communication statistique doit s’exercer dans le temps long, celui de la collecte exhaustive des données, de leur vérification, de leur traitement, de leur consolidation, de leur éventuel ajustement.

Il me semble que l‘INSEE a été forcée, par le politique, de publier le nombre de décès quotidiens en France, par région, par département, pour montrer qu’entre le 1er et le 23 mars 2020, il y avait eu moins de décès que durant la même période de 2018. Rassurer les bonnes gens ! Le message des pouvoirs publics : le Covid-19, ce n’est donc pas si grave que cela !

L’INSEE, dans cette publication hors norme, multiplie les infos méthodologiques, les messages de prudence statistique. Mais qui prend le temps et le soin de les lire ? Elles sont tellement et structurellement arides qu’elles en sont souvent illisibles. Utiliser le confinement pour développer la culture statistique ?

La surmortalité, provoquée par le Covid-19, ne pourra être mesurée rigoureusement que plusieurs mois après la fin de la pandémie. On n’en est pas là !

Nombre de décès quotidiens par département, INSEE. Extraits.

Exceptionnellement, pendant la pandémie du covid-19, l’Insee diffuse le nombre de décès par jour et par département.

Au niveau national, le nombre de décès totaux enregistrés à la date du 2 avril 2020 et survenus entre le 1er et le 23 mars 2020 est dorénavant supérieur à celui enregistré sur la même période en 2019 : 40 684 décès ont été enregistrés en 2020, dont 39 707 pour la France hors Bouches-du-Rhône contre 39 141 en 2019 en France hors Bouches-du-Rhône. Ce nombre reste néanmoins encore inférieur aux décès enregistrés sur la même période en 2018 (44 443 décès en France hors Bouches-du-Rhône), année où la grippe saisonnière était encore virulente au mois de mars.

Au niveau régional, les régions Grand-Est et Île-de-France comptent désormais un nombre de décès totaux, survenus entre le 1er et le 23 mars, supérieur de plus de 10 % à celui enregistré sur la même période en 2019 (respectivement de 19 % et de 11 %) ; il avoisine le nombre de décès survenus au cours de la même période en 2018. Le nombre de décès survenus entre le 1er et le 23 mars 2020 est également supérieur à celui de 2019 en Corse (+ 6 %) ou dans les Hauts-de-France (+ 5 %), mais reste encore inférieur à 2018 dans ces régions.

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Semmelweis et le lavage des mains

Ignace Semmelweis (1818 – 1865). Le pionnier du lavage des mains, Herodote.net, Charlotte Chaulin.

Extrait de l’article de Charlotte Chaulin… « Semmelweis observe alors que les étudiants en médecine, à la différence des élèves sages-femmes, pratiquent parfois des dissections cadavériques avant de rentrer en salle d’accouchement sans prendre la peine de se laver. Il suggère alors d’imposer le lavage des mains avant chaque opération mais cette initiative se heurte à l’ego des médecins viennois qui n’assument pas de porter la responsabilité de la mort des femmes enceintes. Il est révoqué à peine trois mois après son arrivée, le 20 octobre 1846 !

Dès lors, son intuition devient une obsession. En mars 1847, un événement marque sa carrière et va aussi bouleverser l’histoire de la médecine. Son collègue et ami Jakob Kolletschka meurt d’une septicémie après s’être blessé au doigt avec un scalpel lors de la dissection d’un cadavre. Son autopsie révèle une pathologie identique à celle des femmes mortes de la fièvre puerpérale.

Cette conclusion l’amène à l’évidence : ce sont des « particules », comme il les appelle, invisibles mais très odorantes, présentes sur les cadavres qui sont à l’origine de ces morts. « La notion d’identité de ce mal avec l’infection puerpérale dont mouraient les accouchées s’imposa si brusquement à mon esprit, avec une clarté si éblouissante, que je cessai de chercher ailleurs depuis lors. Phlébite… lymphangite… péritonite… pleurésie… péricardite… méningite… tout y était ! » 

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Saison 7. Bloguer en confinement

Mars 2020. Le Covid-19 s’installe durablement en France. Le Grand-Est et l’Ile de France sont particulièrement touchés.

Avant le confinement du lundi 16 mars 2020, le blog continue ses chroniques sur les élections, élections universitaires (conseils et présidence), élections municipales du 15 mars (7 ex-présidents d’université y prennent une veste).

A partir du 16 mars, les chroniques donnent une large part à la pandémie au travers de nouvelles rubriques du blog.

Les deux premières chroniques sur la pandémie : Terribles épidémies, Coronavirus et élections à l’université.

La fermeture des universités pose évidemment un grand nombre de problèmes. Les solutions expérimentées laissent envisager une transformation possible et nécessaire des universités, sous peine de leur disparition : calendrier, continuité pédagogique, télétravail, visioconférence, classe inversée, cours à distance et en ligne, organisation des examens, formation continue, alternance, stages, règles de sécurité et astreinte, mobilité internationale, communication de crise, gouvernance, formation par la recherche appliquée à certains aspects de la pandémie.

Le champ des innovations est immense. Elargiront-elles la coopération ou accentueront-elles les inégalités sociales ? Se feront-elles dans un contexte de plus grande responsabilité individuelle et collective ou sous un autoritarisme de plus en plus fort ? Rien n’est encore joué !

Le confinement, c’est aussi la fermeture de tous les lieux culturels. Pour combien de temps ? J’ai encore eu la chance, le 29 février et le 1er mars, de visiter l’Exposition Hopper à la Fondation Beyeler à Riehen-Bâle et le Campus Vitra à Weil-am-Rhein.

Février 2020. Les chroniques du mois ignorent encore l’épidémie du Coronavirus qui touche pourtant de plein fouet la Chine, comme si la France allait être épargnée.

Mes chroniques restent centrées sur le monde universitaire :

Février, c’est aussi un mouvement de Rectrices et Recteurs d’Académie. Six ex-présidents sont concernés. Chroniques sur Sophie Béjean et Fabienne Blaise

En février, le serpent de mer des regroupements d’établissements poursuit ses méfaits, à Strasbourg, à Marne-la-Vallée, à Reims

Deux expositions locales visitées à Strasbourg : le 5ème Lieu, Focus, Tomi Ungerer photographe

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Covid 19. Visières de protection

Fabrication de visières de protection anti COVID-19 grâce à des imprimantes 3D, au bénéfice des soignants,  Aix-Marseille Université, Communiqué de presse, 1 avril 2020.

…  Aujourd’hui, environ 200 visières peuvent être fabriquées chaque jour sur les sites d’Aix-Marseille où sont regroupées les imprimantes 3D afin d’optimiser la production et assurer l’acheminement des protections vers les hôpitaux. Nous avons par ailleurs rejoint la communauté « visières solidaires » qui coordonne les efforts des « makers » sur ce sujet dans la région de Marseille.

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D. Raoult, traitement de 80 patients

Clinical and microbiological effect of a combination of hydroxychloroquine and azithromycin in 80 COVID-19 patients with at least a six-day follow up: an observational study

Running title. Hydroxychloroquine-Azithromycin and COVID-19, IHU Marseille, Corresponding author : Didier Raoult.

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Thérapies pour combattre Covid-19

Réflexions sur le développement de thérapies pour combattre la pathologie COVID-19, Jacques Haiech, professeur des universités en retraite, Faculté de Pharmacie de Strasbourg. Version en devenir, 27 mars 2020, 6 pages, cliquer ici pour accéder au pdf.

Conduire une stratégie pour développer une thérapie contre une maladie consiste à travailler en parallèle plusieurs axes de recherche et à les coordonner. Trois actions doivent être engagées :

  1. Décrire l’histoire naturelle de la pathologie [1]
  2. Comprendre le cycle viral (SRAS-Cov-2) et la pathologie (COVID-19) dans le cadre de nos connaissances ;
  3. Mettre en place les tests de mesure de bio marqueurs pour diagnostiquer la maladie et pronostiquer l’issue de la pathologie ;
  4. Développer un ensemble de thérapies qui visent à prévenir la maladie et/ou à bloquer l’évolution des différentes phases de la pathologie décrites dans son histoire naturelle.

En rester à une seule action sans prendre en compte les deux autres est voué à l’échec. A titre d’exemple, face à une forme de sélection (attaque par une thérapie antivirale) [2], le virus peut s’adapter et réorganiser son information génique pour échapper à la pression de sélection (apparition de nouvelles souches résistantes).

L’action doit être coordonnée. Elle signifie ceci : la mise en synergie de compétences et savoirs multiples (cliniciens, épidémiologistes/modélisateurs/virologistes/biologistes moléculaires/pharmacologues, cribleurs/chimistes médicinaux,  …). La pandémie nous met au défi de développer réellement l’interdisciplinarité et pas simplement d’en faire un objet de communication.

Dans tous les cas nous devons rester humbles. Ce que nous croyons savoir aujourd’hui peut se révéler erroné demain.

Que pouvons-nous dire sur l’histoire naturelle de la pathologie COVID-19 ?

La figure 1 décrit les différentes phases de la maladie.

Cliquer ici pour agrandir la figure 1

Lorsque le virus est inhalé ou qu’il s’introduit dans notre organisme par la bouche, le nez ou les yeux, il va aller se loger dans différents organes et en particulier dans la partie basse des poumons. Le virus pénètre dans les cellules pulmonaires, s’y multiplie et provoque la mort cellulaire pour aller investir d’autres cellules. Notre organisme réagit à cette attaque virale, un agresseur qu’il rencontre pour la première fois. Il déclenche alors une réponse défensive générale, un processus inflammatoire au niveau de l’organe attaqué, ici le poumon. Ce processus consiste à mobiliser des cellules spécifiques de notre organisme qui vont aller détruire les lieux où se trouve le virus. Imaginez que vous savez que des ennemis se cachent dans une forêt et vous envoyez des bombardiers détruire la forêt en espérant que les ennemis seront aussi détruits. C’est ce que fait notre organisme. Notre organisme met en place une défense graduée. C’est ce processus qui va générer les premiers symptômes (la fièvre est un indicateur de l’intensité de la bataille, la toux indique que la fonction de notre poumon est altérée …). Dans le cas où le virus est combattu efficacement par notre organisme, on peut ne pas s’apercevoir que l’on a été infecté : on est contagieux pendant quelques jours, pratiquement sans aucun symptôme.


[1] https://www.afm-telethon.fr/glossaire/histoire-naturelle-maladie-2818

Ce que les médecins appellent l’histoire naturelle d’une maladie est la description des différentes manifestations d’une maladie et de leur évolution au cours du temps en l’absence de tout traitement (médicaments, kinésithérapie, chirurgie…).

[2] Quand nous utilisons un antibiotique à forte dose sur une population bactérienne, nous permettons aux bactéries résistantes à l’antibiotique de se développer au détriment des bactéries sensibles. Nous effectuons une sélection au sein de la population bactérienne. La même chose se produit avec une population de virus et l’utilisation de médicaments antiviraux. Il est plus efficace d’utiliser un cocktail de 2 ou 3 antiviraux. C’est le principe de la trithérapie pour le VIH.

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Appareils pour étudier le Covid-19

A Illkirch, l’IGBMC met ses équipements à disposition pour étudier le Covid-19 de très, très près, DNA, 27 mars 2020.

L’un des plus grands laboratoires d’Alsace ouvre à Illkirch ses équipements d’imagerie à des équipes cherchant à comprendre la structure et les composants d’un pathogène au profil très particulier, le coronavirus.

Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC). Les chercheurs ont délaissé les étages et les bureaux pour continuer leurs études et leurs échanges scientifiques à domicile, via Internet. Tous ne sont pas partis. Des volontaires viennent prendre soin de précieux résidents, accumulés là par des mois, voire des années de travail : les cultures cellulaires. Impossible de les laisser dépérir, pour ensuite devoir redémarrer à zéro tant de travail.

À l’écart de cette activité réduite, et discrète, des équipements onéreux sont en sommeil dans ce grand bâtiment d’Illkirch. Des appareils sophistiqués de cryomicroscopie et des outils de pointe utilisés notamment par le département de biologie structurale intégrée sont libres. Disponibles pour des investigations qui réclament des ressources technologiques ultra-précises et rapidement accessibles : les travaux de caractérisation du coronavirus.

Des échantillons dans l’azote

« Nous sommes prêts à les rouvrir pour les laboratoires intéressés par de telles plates-formes techniques, d’autant que nous disposons de la puissance informatique nécessaire pour analyser des résultats », explique Bruno Klaholz, directeur de recherches, médaille d’argent du CNRS en 2018 (deuxième plus haute distinction nationale). L’IGBMC figure d’ailleurs parmi les fleurons mondiaux de la biologie, à la réputation largement établie dans un champ de disciplines couvertes par quelque 55 laboratoires.

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1 000 flacons de gel hydro-alcoolique

Webmag, L’usine école, EASE, Eurométropole Strasbourg, 24 mars 2020. Cette fabrication associe 20 étudiants volontaires de 5ème année de la Faculté de pharmacie de Strasbourg.

Usine École EASE au service de la formation à la production en atmosphère contrôlée.

Un outil pédagogique immersif au cœur d’une région de production pharmaceutique tri-nationale.

Située au sein du parc d’innovation d’Illkirch, site d’excellence technologique de l’Eurométropole de Strasbourg, au cœur de la BioValley,  zone géographique tri-nationale (France, Allemagne, Suisse) qui rassemble des acteurs de référence de l’industrie pharmaceutique et de la production de biomédicaments (Sanofi, Lilly, Novartis), l’Usine-Ecole EASE est l’unique plateforme industrielle immersive qui offre à ses clients un environnement de production similaire aux standards GMP – Good Manufacturing Practice – et destiné à l’apprentissage des bonnes pratiques de fabrication (GMP) en salles blanches et aseptiques.

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Doyen de fac de médecine & Codiv19

Coronavirus : excellent point avec Jean Sibilia, doyen de la Faculté de médecine de l’université de Strasbourg. Vidéo de 4’47

Vidéo de 4’47

Site de l’université de Strasbourg consacré à la pandémie. Situation mise à jour quotidiennement

« Le président de la République a annoncé jeudi 12 mars au soir la fermeture des universités. Cette mesure vise à faire reculer la propagation du virus Covid-19. Le Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche a décrété la fermeture aux usagers et le maintien des activités de recherche et administrative. La journée du 13 mars a permis de préciser les modalités de mise en place de cette mesure pour l’Université de Strasbourg, conformément aux instructions ministérielles et préfectorales. 

L’ensemble des mesures vise à répondre à la crise en cours tout en maintenant les activités qui peuvent l’être et en respectant toutes les mesures de protection adéquates. Il s’agit de nous protéger individuellement et collectivement et de retarder le pic épidémique, en adoptant des mesures simples : éviter les rassemblements, mettre en place les gestes barrières. C’est pourquoi nous adaptons nos activités pédagogiques à partir du lundi 16 mars, et maintenons nos activités de recherche et administratives, tout en favorisant le plus possible le télétravail.

En matière de formation

Les activités pédagogiques comme les évaluations n’auront plus lieu en présentiel et passeront désormais par des ressources numériques. Notre intention est de permettre à chaque étudiant de pouvoir valider son année. La mise en place de plates formes numériques est en cours pour permettre aux enseignants de diffuser leurs cours sous forme numérique et à envisager des examens alternatifs en cas d’impossibilité de valider un stage. Les facultés, écoles et instituts de l’université vont maintenir un lien courriel et téléphonique avec chaque étudiant.

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Université et Recherche à l’arrêt

Suite de la chronique d’Histoires d’universités, 5 mars, l’université de Strasbourg s’arrête

Pourquoi l’université s’arrête ? 5 mars 2020, blog Pascal Maillard. En ce 5 mars 2020 les facs et labos en lutte contre la Loi de précarisation et de privatisation de la recherche (LPPR) ont décidé de s’arrêter. Proposition d’un billet participatif pour en expliquer les raisons.

Rue 89 Strasbourg, 6 mars 2020

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